Es el más antiguo jardín botánico creado en la dependencia de la institución universitaria europea. El aspecto actual es muy diferente de la original y las estructuras visibles en óptimas condiciones son: el Instituto de edad con la característica fachada decorada con conchas y corales, los pilares de la postes de la puerta en frente de ella y decorada de una manera similar, seis de los ocho fuentes con baño.

Desde su origen, el jardín ha jugado un papel importante en las actividades de enseñanza y es hoy una fuente de material para cursos de botánica, así como proporcionar, con sus colecciones, los programas de apoyo a la investigación dirigidas a la, biológicos, genéticos y naturales dos áreas de aplicación como los productos farmacéuticos, veterinarios y de agricultura. En la parte del jardín se encuentra al norte del Departamento de Botánica se extiende el jardín botánico, donde los árboles se cultivan en el grupo de las coníferas y amentifere.

Fuera dell’arboreto varios árboles de gran importancia histórica, en el Jardín de la casa de cedro con dos ejemplares más viejos, una grandiflora Magnolia y Ginkgo biloba, plantado en 1787 por el prefecto Jorge Santos. Un número de plantas agrupadas por familias en las fronteras de la "botánica de la escuela" le permiten disfrutar, de acuerdo con un criterio de la enseñanza sistemática, las similitudes entre los diferentes grupos mediante la comparación de la planta y estructuras de flores, en general, los aspectos morfológicos.

En la zona llamada "Jardín de Myrtle" la presencia de una copia antigua de Myrtus communis, se cultivan alrededor de ciento cuarenta especies de plantas medicinales, algunas utilizadas por la Farmacopea de los italianos como el ricino y la digital. Las plantas acuáticas son en su mayoría una colección de especies autóctonas que, una vez caracterizado el territorio toscano. Algunos de ellos como farferugine pantanos han desaparecido del entorno natural, otros, como los pantanos y nannufero ilibisco están en riesgo de extinción debido a la contaminación del agua y recuperación de tierras. Ellos también se cultivan muchas plantas exóticas acuáticas como la Lindley Victoria regia.

La colección de geófitas Mediterráneo reúne especies de gramíneas que pertenecen principalmente a los géneros Allium, Muscari Ornithogalum y de las diferentes áreas de la cuenca mediterránea y que es objeto de estudios y geobotánica citotassonomici. Un invernadero de todo el Jardín Botánico está dedicado a las especies de plantas suculentas. Ambas especies se encuentran suculencia Caulino como las Cactaceae y Euphorbiaceae, y las muestras de hojas suculentas presentes en el Aloe y Agave.

Un invernadero equipado con sofisticado de monitoreo y control de parámetros ambientales alberga la colección de especies tropicales. Se cultivan Araceae, Bromeliaceae, Commelinaceae, Orchidaceae y algunas plantas de alimentos de interés como la papaya, pimienta, café, el’eugenia tamarindo, fruta de la pasión. La pequeña colección de especies incluye la Apuanos Biscutella Apuanos, arachnoidea y Centaurea alpina Daphne. La colección se realizó de acuerdo con el Parque Natural de los Alpes Apuanos.
Italianos egiptología estudios han sido durante mucho tiempo un lugar muy popular en Pisa. La colección incluye plantas herbáceas, arbustos y árboles cultivados en el antiguo Egipto para la alimentación, cosmética y farmacéutica.